Untuk mencapai tujuan Fakultas Agama Islam Universitas Wiralodra, maka dibuat tahapan pengembanan FAI UNWIR untuk mancapai visi, misi, dan tujuan dalam 3 tahapan yang rasional, yaitu:

Tahap I tahun 2014-2018, untuk peningkatan kapasitas dan penataan kelembagaan. Fokus tahapan ini adalah perbaikan tata kelola manajemen di Fakultas Agama Islam Universitas Wiralodra, termasuk di dalamnya peningkatan kualitas layanan akademik dan non akademik. Indikatornya adalah semua program studi yang adi di FAI UNWIR terakreditasi dengan nilai B.

Tahap II tahun 2018-2022, untuk peningkatan daya saing regional dan nasional. Merupakan periode yang difokuskan untuk memperbaiki semua komponen di FAI UNWIR sesuai dengan standar mutu yang telah ditetapkan Diktis. Termasuk di dalamnya modernisasi sistem teknologi informasi kampus dan fasilitas berstandar nasional. Indikatornya adalah semua program studi yang ada terakreditasi dengan nilai B +

Tahap III tahun 2022-2026, merupakan periode pengembangan berbagai komponen yang didukung oleh kecanggihan ilmu pengetahuan dan teknologi terkini. Periode dimana FAI UNWIR telah mencapai visi yang diharapkan, dengan indikator semua program studi terakreditasi dengan nilai A.